PCR實(shí)驗(yàn)室設(shè)計(jì)的關(guān)鍵難題是如何避免污染。在具體工作中，如下類別的污染是比較容易見到的：放大產(chǎn)品的污染；自然基因組DNA污染；試劑污染和樣本間的污染。如果發(fā)生污染，一定要終止實(shí)驗(yàn)，直至發(fā)現(xiàn)污染源，而且還要扔掉測試結(jié)果，所以需重復(fù)檢驗(yàn)。因此，污染出現(xiàn)后在實(shí)驗(yàn)室附近找尋污染源不但費(fèi)時(shí)費(fèi)力，并且耗費(fèi)人力物力。故此，為了避免污染，應(yīng)當(dāng)預(yù)防為主，而不是清除。

1、嚴(yán)密區(qū)分工作區(qū)域

（1）合理設(shè)立每個(gè)試驗(yàn)區(qū)；

（2）每個(gè)試驗(yàn)區(qū)應(yīng)當(dāng)有突出的標(biāo)識(shí)（如顯眼的門牌或是相異的顏色等），以此區(qū)分不同試驗(yàn)區(qū)的設(shè)施項(xiàng)目和試劑混淆

2、恰當(dāng)?shù)南到y(tǒng)設(shè)置

（1）恰當(dāng)?shù)目照{(diào)和通風(fēng)系統(tǒng)設(shè)置，盡可能采用全供全排的空調(diào)系統(tǒng)；

（2）嚴(yán)密的氣流壓力監(jiān)控，保障不同試驗(yàn)地區(qū)的不同壓力要求

3、標(biāo)準(zhǔn)化操作

（1）臨床基因擴(kuò)增檢測實(shí)驗(yàn)室的技術(shù)人員一定要經(jīng)歷過在職培訓(xùn)，培訓(xùn)達(dá)標(biāo)之后方可從事臨床基因擴(kuò)增測試；

（2）實(shí)驗(yàn)操作過程中，操作人員需要戴手套，并且常常更換手套。除此之外，在操作中使用一次性帽也是避免污染的重要舉措；

（3）消毒工作及時(shí)、正確。試驗(yàn)完結(jié)之后，要立刻打掃該地區(qū)。除了使用標(biāo)準(zhǔn)消毒液擦拭消毒表層或者使用紫外線燈照射消毒之外，部分試驗(yàn)器材也應(yīng)實(shí)施高氣壓消毒。

4、嚴(yán)密管控

（1）嚴(yán)格控制人員出入實(shí)驗(yàn)室。和試驗(yàn)不相關(guān)的人員不準(zhǔn)擅自出入實(shí)驗(yàn)室。如有可能，應(yīng)設(shè)立出入整個(gè)實(shí)驗(yàn)區(qū)的獨(dú)立通道和門；

（2）每個(gè)試驗(yàn)區(qū)應(yīng)采用有著突出差別標(biāo)識(shí)（如不同顏色）的工作服。工作人員離開時(shí)，不準(zhǔn)將該地帶之內(nèi)的工作服帶到其他地區(qū)；

（3）盡量減少在試驗(yàn)地區(qū)內(nèi)不必要的行走，以降低交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)

（4）增加產(chǎn)物檢驗(yàn)區(qū)域是擴(kuò)增產(chǎn)物污染的主要來源。廢液不準(zhǔn)傾倒在實(shí)驗(yàn)室以內(nèi)，必需在用消毒劑浸泡和消毒之后扔掉。一次性材質(zhì)，如使用過的吸盤，亦應(yīng)在用消毒劑浸泡和消毒后進(jìn)行處理，如焚毀；

（5）一些誘變及有害物質(zhì)可能會(huì)用于擴(kuò)增產(chǎn)物分析區(qū)域，應(yīng)特別注意實(shí)驗(yàn)室人員的安全保護(hù)

5、完備的實(shí)驗(yàn)室配套設(shè)施

健全的實(shí)驗(yàn)室配套設(shè)備是確保試驗(yàn)工作的必要條件。應(yīng)依據(jù)每個(gè)實(shí)驗(yàn)室的不同實(shí)驗(yàn)內(nèi)容配置對(duì)應(yīng)的設(shè)施以及設(shè)備，如超凈工作臺(tái)、離心機(jī)、取樣器等。